第一件事，当然是为当地死难的一万多华人报仇。
叶思文下令，抓捕当地参与了屠杀华人的土著，至于参与屠杀的西班牙军人，在马尼拉港口攻防战和马尼拉城攻防战中几乎全部战死，硕果仅存的几十个西班牙军人也被俘虏，只需要拉上公堂审判就行了。
由于不知道哪些土著参与了屠华事件，所以叶思文下令，无论是否参与屠华，凡是马尼拉周边的土著，都有嫌疑，无论男女，无论老少，都要抓来审问。
于是，一场大追捕开始了，马尼拉周围成千上万的土著被抓捕，由于抓捕的土著太多，马尼拉警察局的牢房都不够用了，叶思文不得不下令把土著关押进了原西班牙军人的营房。
当然也有那机灵的土著，见势不妙，立刻脚底抹油开溜，学习当初华人，跑进了马尼拉周围的森林里，不过他们忘了，华人们对森林也是熟悉无比，很快他们便如山老鼠一般，一个接一个的被赵辉组织的华人兵团揪了出来。
几天之后，马尼拉周边的土著全部被捕，即使有漏网之鱼，也无关紧要了。
接下来，大明政府对土著进行了公审和判决，土著的犯罪等级被分为三级，第一级，组织参与屠华抢劫；第二级，参与屠华抢劫；第三级，参与屠华者的家属。
经过马尼拉当地华人公正的指正，一级罪犯一共有四十三人，二级罪犯一万多人，三级罪犯三万多人，这几乎是马尼拉周围所有的土著，因为马尼拉周围的土著都参与了屠杀。
乱世须用重典，吕宋就是一个非常混乱的地方，西班牙人、土著、华人三种势力错中复杂，特别是愚昧无知且胆大包天的土著，更是社会的不安定因素，所以大明想要长期统治吕宋，就必须先把土著威慑住。
在叶思文的授意下，大明政府对四十三名一级罪犯的处理方法只有一个——凌迟处死，只有这种极其恐怖的处死方法，才能在土著的心里留下恐怖的种子，让他们以后一动坏脑筋，就想起这些被凌迟的同类。
不过凌迟是个技术活，放眼吕宋，放眼叶思文的军中，没有人能胜任这份工作，没有人，叶思文不怕，他修书一封，朱由检立刻给他派了二十个可以执行凌迟的刽子手。
本来二级罪犯也是要全部处死的，但是人太多了，一万多人，杀了影响不好，不符合叶思文一贯以来的温和形象，所以在叶思文的授意下，一万人中，每一百人中挑出一个代表，代表什么？当然是代笔大家去死！
这种挑选方法，没有规律可行，谁倒霉谁上，挑出来的一百个土著，也只能怪他们的运气不好，代人受过了。
至于剩余的二级犯罪，叶思文给他们取了一个很好听的名字——终身监禁劳改犯，他们将承担马尼拉港和马尼拉城的重建任务，说不定他们还会承担吕宋岛其他的地方的建设任务，最后，他们有可能死在工地上，有可能死在矿山里，谁知道呢？
这就是代价，头脑一时热的代价，有因必有果，土著既然敢屠杀华人，就应该有被反倒清算的觉悟。
最后犯罪行为最轻的三级罪犯，给他们的宣判是，有期劳改二十年，也就是说，他们只要能免费给大明干上二十年苦力，他们就可以重新获得自由，至于他们能不能活过二十年，还真是个未知数。
为了显示大明皇帝朱由检的仁慈，也同时显示叶思文的仁慈，其中还是有免罚条款的，土著男子十二岁以下、六十岁以上免责，土著女子十四岁以下、五十五岁以上免责，其余人，一个都跑不掉，即使现在跑掉了，以后也会被揪出来。
处理了土著人，叶思文又开始处置当地的西班牙人，以科奎拉为的西班牙军人并没有得到审判，他们乃是整个屠华事件的策划者和参与者，他们将会被押回大明本土接受审判，其实这也就是叶思文的一句话，他要利用科奎拉这些人，和西班牙政府谈判。
处置西班牙人，最主要的还是处置吕宋当地的西班牙富人，文明的西班牙绅士虽然没有参与屠杀，但是他们有见死不救的罪过，也有没有阻止科奎拉的罪过，所以叶大侯爷也要对他们进行处罚。
对于西班牙富人，没啥好说的，直接没收财产，然后把他们赶上一艘开往西方的商船，送他们回家，不过，仁慈的叶侯爷也没有把西班牙富人往死里坑，他还是给了西班牙人留了一点车马费，十两银子，爱要不要。
接到叶侯爷的十两银子，西班牙富人都哭了，往昔的腰缠万贯已成浮云，只余十两银子回家，这让当惯了富人的西班牙人情何以堪？
自此，土著杀的被杀，服刑的服刑，留下来的，不过是一些老弱妇孺罢了，而西班牙人，基本上被赶出了马尼拉。
叶思文在马尼拉执行的政策，让马尼拉的社会构成产生了剧烈的变化，以前高高在上的西班牙人被赶跑了，二等公民被拉去干苦力了，而地位最低的华人，现在翻身当了主人，成为了马尼拉的核心力量。
现在在马尼拉的大街上，行走的基本上都是华人，要不是当地的华人，要不就是大明的将士；土著们寒蝉若惊，一个个躲在家里不敢出来；至于西方人，更是少见，除了和叶思文有约定的荷兰人，还暂时没有西方人敢登上马尼拉的土地。